Single Pass, BLAST-Like, Approximate String Matching on FPGAs

Approximate string matching is fundamental to bioinformatics, and has been the subject of numerous FPGA acceleration studies. We address issues with respect to FPGA implementations of both BLAST- and dynamic programming- (DP) based methods. Our primary contributions are two new algorithms for emulat...

Ausführliche Beschreibung

Bibliographische Detailangaben

Veröffentlicht in:	FCCM 2006 : 14th Annual IEEE Symposium on Field-Programmable Custom Computing Machines : proceedings : 24-26 April, 2006, Napa, California S. 217 - 226
Hauptverfasser:	Herbordt, J.C., Model, J., Yongfeng Gu, Sukhwani, B., VanCourt, T.
Format:	Tagungsbericht
Sprache:	Englisch
Veröffentlicht:	IEEE 01.04.2006
Schlagworte:	Acceleration Bioinformatics Data mining DNA Field programmable gate arrays Genetic mutations Hardware Proteins Sequences
ISBN:	9780769526614, 0769526616
Online-Zugang:	Volltext
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