Single Pass, BLAST-Like, Approximate String Matching on FPGAs

Approximate string matching is fundamental to bioinformatics, and has been the subject of numerous FPGA acceleration studies. We address issues with respect to FPGA implementations of both BLAST- and dynamic programming- (DP) based methods. Our primary contributions are two new algorithms for emulat...

Celý popis

Podrobná bibliografie

Vydáno v:	FCCM 2006 : 14th Annual IEEE Symposium on Field-Programmable Custom Computing Machines : proceedings : 24-26 April, 2006, Napa, California s. 217 - 226
Hlavní autoři:	Herbordt, J.C., Model, J., Yongfeng Gu, Sukhwani, B., VanCourt, T.
Médium:	Konferenční příspěvek
Jazyk:	angličtina
Vydáno:	IEEE 01.04.2006
Témata:	Acceleration Bioinformatics Data mining DNA Field programmable gate arrays Genetic mutations Hardware Proteins Sequences
ISBN:	9780769526614, 0769526616
On-line přístup:	Získat plný text
Tagy:	Přidat tag Žádné tagy, Buďte první, kdo vytvoří štítek k tomuto záznamu!