Indexing k -mers in linear space for quality value compression

Many bioinformatics tools heavily rely on -mer dictionaries to describe the composition of sequences and allow for faster reference-free algorithms or look-ups. Unfortunately, naive -mer dictionaries are very memory-inefficient, requiring very large amount of storage space to save each -mer. This pr...

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Bibliographische Detailangaben
Veröffentlicht in:	Journal of bioinformatics and computational biology Jg. 17; H. 5; S. 1940011
Hauptverfasser:	Shibuya, Yoshihiro, Comin, Matteo
Format:	Journal Article
Sprache:	Englisch
Veröffentlicht:	Singapore 01.10.2019
Schlagworte:	read compression indexing quality score
ISSN:	1757-6334, 1757-6334
Online-Zugang:	Weitere Angaben
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