DeepUTF: Locating transcription factor binding sites via interpretable dual-channel encoder-decoder structure

•A novel method (DeepUTF) to predict transcription factor binding sites (TFBSs).•DeepUTF captures other relevant patterns in the transcriptional regulatory network.•The feature learning process of the model is interpretable.•Excellent model predictions compared to TF-DNA complexes in the PDB.•DeepUT...

Ausführliche Beschreibung

Bibliographische Detailangaben

Veröffentlicht in:	Pattern recognition Jg. 161; S. 111279
Hauptverfasser:	Ding, Pengju, Wang, Jianxin, He, Shiyue, Gao, Xin, Yu, Xu, Yu, Bin
Format:	Journal Article
Sprache:	Englisch
Veröffentlicht:	Elsevier Ltd 01.05.2025
Schlagworte:	Improved encoder-decoder Interpretability Swin transformer Transcription factor binding sites Swin transformer Transcription factor binding sites Improved encoder-decoder Interpretability
ISSN:	0031-3203
Online-Zugang:	Volltext
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