Replacing suffix trees with enhanced suffix arrays

The suffix tree is one of the most important data structures in string processing and comparative genomics. However, the space consumption of the suffix tree is a bottleneck in large scale applications such as genome analysis. In this article, we will overcome this obstacle. We will show how every a...

Ausführliche Beschreibung

Bibliographische Detailangaben

Veröffentlicht in:	Journal of discrete algorithms (Amsterdam, Netherlands) Jg. 2; H. 1; S. 53 - 86
Hauptverfasser:	Abouelhoda, Mohamed Ibrahim, Kurtz, Stefan, Ohlebusch, Enno
Format:	Journal Article
Sprache:	Englisch
Veröffentlicht:	Elsevier B.V 2004
Schlagworte:	Genome comparison Pattern matching Repeat analysis Suffix array Suffix tree Suffix tree Suffix array Genome comparison Pattern matching Repeat analysis
ISSN:	1570-8667, 1570-8675
Online-Zugang:	Volltext
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