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The Silene latifolia genome and its giant Y chromosome

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Podrobná bibliografie
Název: The Silene latifolia genome and its giant Y chromosome
Autoři: Moraga, Carol, Branco, Catarina, Rougemont, Quentin, Veltsos, Paris, Jedlička, Pavel, Muyle, Aline, Hanique, Mélissa, Tannier, Eric, Liu, Xiaodong, Mendoza-Galindo, Eddy, Lemaitre, Claire, Fields, Peter, Cruaud, Corinne, Labadie, Karine, Belser, Caroline, Briolay, Jérôme, Santoni, Sylvain, Cegan, Radim, Linheiro, Raquel, Rodríguez de la Vega, Ricardo, Adam, Gabriele, Filali, Adil El, Mossion, Vinciane, Boualem, Adnane, Tavares, Raquel, Chebbi, Amine, Cordaux, Richard, Fruchard, Cécile, Prentout, Djivan, Velt, Amandine, Spataro, Bruno, Delmotte, Stephane, Weingartner, Laura, Toegelová, Helena, Tulpová, Zuzana, Cápal, Petr, Šimková, Hana, Štorchová, Helena, Krüger, Manuela, Abeyawardana, Oushadee, Taylor, Douglas, Olson, Matthew, Sloan, Daniel, Karrenberg, Sophie, Delph, Lynda, Charlesworth, Deborah, Giraud, Tatiana, Bendahmane, Abdelhafid, Genova, Alex Di, Madoui, Mohammed‐Amin, Hobza, Roman, Marais, Gabriel
Přispěvatelé: RIOU, Christine, Biology, Ecology, Evolution and Genetics, Ecologie Systématique et Evolution (ESE), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Sciences, Milieux, Information, Sociétés (SEMIS), Institut Rhône-Alpin des systèmes complexes (IXXI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Université Jean Moulin - Lyon 3 (UJML), Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre Inria de Lyon, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Santé de la vigne et qualité du vin (SVQV), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Biologie et Amélioration des Plantes (BAP), Université de Strasbourg (UNISTRA), Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Instituto de Ciencias de la Ingenieria (ICIn - UOH), Universidad de O'Higgins (UOH), Instituto Milenio de Biología Integrativa = Millennium Institute for Integrative Biology (iBio), Centro de Investigação em Biodiversidade e Recursos Genéticos Vairao (CIBIO), Universidade do Porto = University of Porto, Program in Genomics, Biodiversity and Land Planning (BIOPOLIS), Vrije Universiteit Brussel Bruxelles (VUB), Institute of Biophysics of the Czech Academy of Sciences (IBP / CAS), Czech Academy of Sciences Prague (CAS), Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive (CEFE), École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris Sciences et Lettres (PSL)-Université Paris Sciences et Lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD Occitanie )-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Montpellier, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Montpellier (UM)-Université de Montpellier Paul-Valéry (UMPV), Institut des Sciences des Plantes de Paris-Saclay (IPS2 (UMR_9213 / UMR_1403)), Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), University of Copenhagen = Københavns Universitet (UCPH), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom Paris (IMT)-Institut Mines-Télécom Paris (IMT), Scalable, Optimized and Parallel Algorithms for Genomics (GenScale), Centre Inria de l'Université de Rennes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE (IRISA-D7), Institut Mines-Télécom Paris (IMT)-Institut Mines-Télécom Paris (IMT)-Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut Mines-Télécom Paris (IMT)-Institut Mines-Télécom Paris (IMT)-Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique (IMT Atlantique), Colorado State University Fort Collins (CSU), Genoscope - Centre national de séquençage Evry (GENOSCOPE), Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Institut de Biologie François JACOB (JACOB), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Développement de Techniques et Analyse Moléculaire de la Biodiversité Lyon (DTAMB), Centre Léon Bérard Lyon -Université de Lyon, Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales (UMR AGAP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Montpellier, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Montpellier (UM), Department of Ecology and Genetics Uppsala (EBC), Uppsala University, Faculdade de Ciências da Universidade do Porto (FCUP), EFOR Group, Evolution, génomes, comportement et écologie (EGCE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Columbia University New York, University of Louisville School of Medicine Louisville, Institute of Experimental Botany of the Czech Academy of Sciences (IEB / CAS), University of Virginia, Texas Tech University Lubbock (TTU), Uppsala Universitet Uppsala, Indiana University Bloomington, Indiana University System, Center for Mathematical Modeling (CMM), Universidad de Chile = University of Chile Santiago (UCHILE), EPCC Edinburgh, The University of Edinburgh, The Czech Science Foundation grants 21-00580S and 22-00364, Fédération de Recherche 'Biodiversité, Eau, Environnement, Ville & Santé' (FR3 BIOEENVIS) of University of Lyon 1 grant (GABM, JB), ANR-20-CE20-0015,PlantGenomYX,Identifier les gènes du déterminisme du sexe chez la plante dioïque Silene latifolia(2020), ANR-22-CE02-0024,CisTransEvol,L'évolution des regulateurs en cis et trans chez les eucaryotes(2022), ANR-20-CE02-0015,LongevitY,Etude du rôle des chromosomes sexuels dans l'établissement des différences de vieillissement et de longévité entre mâles et femelles(2020), European Project: 832352,EvolSexChrom, European Project: 101095736 ,NectarGland
Zdroj: Science
Informace o vydavateli: American Association for the Advancement of Science (AAAS), 2025.
Rok vydání: 2025
Témata: Recombination, Genetic, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], [SDV.BDLR.RS] Life Sciences [q-bio]/Reproductive Biology/Sexual reproduction, Sex Chromosomes, [SDV.BID.EVO]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Populations and Evolution [q-bio.PE], [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Sex Determination Processes, Genes, Plant, Chromosomes, Plant, [SDV.BDLR.RS]Life Sciences [q-bio]/Reproductive Biology/Sexual reproduction, [SDV.GEN.GPL]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Plants genetics, [SDV.GEN.GPL] Life Sciences [q-bio]/Genetics/Plants genetics, [SDV.BID.EVO] Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Populations and Evolution [q-bio.PE], [SDV.BBM.GTP] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], Silene, Genome, Plant
Popis: In many species with sex chromosomes, the Y is a tiny chromosome. However, the dioecious plant Silene latifolia has a giant ~550-megabase Y chromosome, which has remained unsequenced so far. We used a long- and short-read hybrid approach to obtain a high-quality male genome. Comparative analysis of the sex chromosomes with their homologs in outgroups showed that the Y is highly rearranged and degenerated. Recombination suppression between X and Y extended in several steps and triggered a massive accumulation of repeats on the Y as well as in the nonrecombining pericentromeric region of the X, leading to giant sex chromosomes. Using sex phenotype mutants, we identified candidate sex-determining genes on the Y in locations consistent with their favoring recombination suppression events 11 and 5 million years ago.
Druh dokumentu: Article
Popis souboru: application/pdf
Jazyk: English
ISSN: 1095-9203
0036-8075
DOI: 10.1126/science.adj7430
DOI: 10.5281/zenodo.14434538
Přístupová URL adresa: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/39913565
https://biblio.vub.ac.be/vubir/the-silene-latifolia-genome-and-its-giant-y-chromosome(0865bafa-f09f-4016-bd03-b84cf3aa69df).html
Rights: CC BY NC ND
Přístupové číslo: edsair.doi.dedup.....b117cc80d0baefc1563ad971b2cf1329
Databáze: OpenAIRE
Popis
Abstrakt:In many species with sex chromosomes, the Y is a tiny chromosome. However, the dioecious plant Silene latifolia has a giant ~550-megabase Y chromosome, which has remained unsequenced so far. We used a long- and short-read hybrid approach to obtain a high-quality male genome. Comparative analysis of the sex chromosomes with their homologs in outgroups showed that the Y is highly rearranged and degenerated. Recombination suppression between X and Y extended in several steps and triggered a massive accumulation of repeats on the Y as well as in the nonrecombining pericentromeric region of the X, leading to giant sex chromosomes. Using sex phenotype mutants, we identified candidate sex-determining genes on the Y in locations consistent with their favoring recombination suppression events 11 and 5 million years ago.
ISSN:10959203
00368075
DOI:10.1126/science.adj7430