A tile-based parallel Viterbi algorithm for biological sequence alignment on GPU with CUDA

The Viterbi algorithm is the compute-intensive kernel in Hidden Markov Model (HMM) based sequence alignment applications. In this paper, we investigate extending several parallel methods, such as the wave-front and streaming methods for the Smith-Waterman algorithm, to achieve a significant speed-up...

Celý popis

Podrobná bibliografie

Vydáno v:	2010 IEEE International Symposium on Parallel and Distributed Processing, Workshops and Phd Forum s. 1 - 8
Hlavní autoři:	Zhihui Du, Zhaoming Yin, Bader, David A
Médium:	Konferenční příspěvek
Jazyk:	angličtina
Vydáno:	IEEE 01.04.2010
Témata:	Algorithm design and analysis Biology computing Concurrent computing Decoding GPGPU Graphics Heuristic algorithms hidden Markov model Hidden Markov models Kernel Tiles Viterbi algorithm
ISBN:	9781424465330, 1424465338
On-line přístup:	Získat plný text
Tagy:	Přidat tag Žádné tagy, Buďte první, kdo vytvoří štítek k tomuto záznamu!