Communication-Efficient Jaccard similarity for High-Performance Distributed Genome Comparisons

The Jaccard similarity index is an important measure of the overlap of two sets, widely used in machine learning, computational genomics, information retrieval, and many other areas. We design and implement SimilarityAtScale, the first communication-efficient distributed algorithm for computing the...

Celý popis

Podrobná bibliografie

Vydáno v:	Proceedings - IEEE International Parallel and Distributed Processing Symposium s. 1122 - 1132
Hlavní autoři:	Besta, Maciej, Kanakagiri, Raghavendra, Mustafa, Harun, Karasikov, Mikhail, Ratsch, Gunnar, Hoefler, Torsten, Solomonik, Edgar
Médium:	Konferenční příspěvek
Jazyk:	angličtina
Vydáno:	IEEE 01.05.2020
Témata:	Bioinformatics Cyclops Tensor Framework Distributed Jaccard Distance Distributed Jaccard similarity Genome Sequence Distance Genomics High-Performance Genome Processing Indexes k-Mers Matrix-Matrix Multiplication Metagenome Sequence Distance Sequential analysis Sparse matrices
ISSN:	1530-2075
On-line přístup:	Získat plný text
Tagy:	Přidat tag Žádné tagy, Buďte první, kdo vytvoří štítek k tomuto záznamu!