Analysis of internal loops within the RNA secondary structure in almost quadratic time

Motivation: Evaluating all possible internal loops is one of the key steps in predicting the optimal secondary structure of an RNA molecule. The best algorithm available runs in time O(L3), L is the length of the RNA. Results: We propose a new algorithm for evaluating internal loops, its run-time is...

Celý popis

Podrobná bibliografie

Vydáno v:	Bioinformatics Ročník 22; číslo 11; s. 1317 - 1324
Hlavní autoři:	Ogurtsov, Aleksey Y., Shabalina, Svetlana A., Kondrashov, Alexey S., Roytberg, Mikhail A.
Médium:	Journal Article
Jazyk:	angličtina
Vydáno:	England Oxford University Press 01.06.2006 Oxford Publishing Limited (England)
Témata:	Algorithms Base Composition Computational Biology - methods Nucleic Acid Conformation Programming Languages RNA - chemistry Software Thermodynamics
ISSN:	1367-4803, 1460-2059, 1367-4811
On-line přístup:	Získat plný text
Tagy:	Přidat tag Žádné tagy, Buďte první, kdo vytvoří štítek k tomuto záznamu!