Single pass streaming BLAST on FPGAs

Approximate string matching is fundamental to bioinformatics and has been the subject of numerous FPGA acceleration studies. We address issues with respect to FPGA implementations of both BLAST- and dynamic-programming- (DP) based methods. Our primary contribution is a new algorithm for emulating th...

Celý popis

Podrobná bibliografie

Vydáno v:	Parallel computing Ročník 33; číslo 10; s. 741 - 756
Hlavní autoři:	Herbordt, Martin C., Model, Josh, Sukhwani, Bharat, Gu, Yongfeng, VanCourt, Tom
Médium:	Journal Article
Jazyk:	angličtina
Vydáno:	Netherlands Elsevier B.V 01.11.2007
Témata:	Bioinformatics Computational accelerators Configurable computing High performance computing Configurable computing High performance computing Computational accelerators Bioinformatics
ISSN:	0167-8191, 1872-7336
On-line přístup:	Získat plný text
Tagy:	Přidat tag Žádné tagy, Buďte první, kdo vytvoří štítek k tomuto záznamu!