Efficient Updating of Biological Sequence Analyses

We present a novel approach for reducing the computational complexity of updating homologies produced by a wide class of popular state-of-the-art algorithms in comparative computational biology. The algorithms that we consider use hidden Markov models (HMMs) and a Viterbi recursion to evaluate match...

Celý popis

Uloženo v:

Podrobná bibliografie
Vydáno v:	IEEE journal of selected topics in signal processing Ročník 2; číslo 3; s. 365 - 377
Hlavní autoři:	Changjin Hong, Tewfik, A.H.
Médium:	Journal Article
Jazyk:	angličtina
Vydáno:	New York IEEE 01.06.2008 The Institute of Electrical and Electronics Engineers, Inc. (IEEE)
Témata:	Algorithms Biological Biological system modeling Computation Computational biology Computational complexity Dynamic programming Error correction Evolution (biology) Genetic mutations Hidden Markov models hidden Markov models (HMMs) Matching Mathematical models minimum spanning tree Optimization Proteins Recursion sensitivity analysis Sequences shortest path Studies Tolerances Viterbi algorithm Viterbi decoding algorithm
ISSN:	1932-4553, 1941-0484
On-line přístup:	Získat plný text
Tagy:	Přidat tag Žádné tagy, Buďte první, kdo vytvoří štítek k tomuto záznamu!

Buďte první, kdo okomentuje tento záznam!