Energy landscape analysis for regulatory RNA finding using scalable distributed cyberinfrastructure

SUMMARY We investigate the folding energy landscape for a given RNA sequence through Boltzmann ensemble (BE) sampling of RNA secondary structures. The ensemble of sampled structures is used to derive distributions of energies and base‐pair distances between two configurations. We identify structural...

Celý popis

Podrobná bibliografie

Vydáno v:	Concurrency and computation Ročník 23; číslo 17; s. 2292 - 2304
Hlavní autoři:	Kim, Joohyun, Huang, Wei, Maddineni, Sharath, Aboul-ela, Fareed, Jha, Shantenu
Médium:	Journal Article
Jazyk:	angličtina
Vydáno:	Chichester, UK John Wiley & Sons, Ltd 10.12.2011
Témata:	concurrent programming and distributed computing ncRNA gene finding Pilot-Job abstraction RNA folding energy landscape Simple API for Grid Applications (SAGA)
ISSN:	1532-0626, 1532-0634, 1532-0634
On-line přístup:	Získat plný text
Tagy:	Přidat tag Žádné tagy, Buďte první, kdo vytvoří štítek k tomuto záznamu!