Pattern matching with don't cares and few errors

We present solutions for the k-mismatch pattern matching problem with don't cares. Given a text t of length n and a pattern p of length m with don't care symbols and a bound k, our algorithms find all the places that the pattern matches the text with at most k mismatches. We first give a Θ...

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Bibliographische Detailangaben
Veröffentlicht in:	Journal of computer and system sciences Jg. 76; H. 2; S. 115 - 124
Hauptverfasser:	Clifford, Raphaël, Efremenko, Klim, Porat, Ely, Rothschild, Amir
Format:	Journal Article
Sprache:	Englisch
Veröffentlicht:	Elsevier Inc 01.03.2010
Schlagworte:	Algorithms Alignment Errors Group testing Matching Mathematical models Pattern matching Position (location) Randomised algorithms String algorithms Symbols Texts Randomised algorithms String algorithms Group testing Pattern matching
ISSN:	0022-0000, 1090-2724
Online-Zugang:	Volltext
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