GANDAFL: Dataflow Acceleration for Short Read Alignment on NGS Data

DNA read alignment is an integral part of genome study, which has been revolutionised thanks to the growth of Next Generation Sequencing (NGS) technologies. The inherent computational intensity of string matching algorithms such as Smith-Waterman (SmW) and the vast amount of NGS input data, create a...

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Bibliographische Detailangaben
Veröffentlicht in:	IEEE transactions on computers Jg. 71; H. 11; S. 3018 - 3031
Hauptverfasser:	Koliogeorgi, Konstantina, Xydis, Sotirios, Gaydadjiev, Georgi, Soudris, Dimitrios
Format:	Journal Article
Sprache:	Englisch
Veröffentlicht:	New York IEEE 01.11.2022 The Institute of Electrical and Electronics Engineers, Inc. (IEEE)
Schlagworte:	Accelerators Algorithms Alignment Bioinformatics Bowtie2 Co-design Communications systems dataflow computing DNA Field programmable gate arrays Genomics Next generation sequencing reconfigurable acceleration Sequential analysis smith waterman Software String matching Task analysis traceback
ISSN:	0018-9340, 1557-9956
Online-Zugang:	Volltext
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