Primer, Pipelines, Parameters: Issues in 16S rRNA Gene Sequencing

In 16S rRNA gene sequencing, certain bacterial genera were found to be underrepresented or even missing in taxonomic profiles when using unsuitable primer combinations, outdated reference databases, or inadequate pipeline settings. Concerning the last, quality thresholds as well as bioinformatic set...

Celý popis

Podrobná bibliografie

Vydáno v:	mSphere Ročník 6; číslo 1
Hlavní autoři:	Abellan-Schneyder, Isabel, Matchado, Monica S., Reitmeier, Sandra, Sommer, Alina, Sewald, Zeno, Baumbach, Jan, List, Markus, Neuhaus, Klaus
Médium:	Journal Article
Jazyk:	angličtina
Vydáno:	United States American Society for Microbiology 24.02.2021
Témata:	Research Article databases variable regions bioinformatic settings mock communities 16S rRNA gene sequencing amplicon sequencing clustering microbiome
ISSN:	2379-5042, 2379-5042
On-line přístup:	Získat plný text
Tagy:	Přidat tag Žádné tagy, Buďte první, kdo vytvoří štítek k tomuto záznamu!