Ultra Efficient Acceleration for De Novo Genome Assembly via Near-Memory Computing

De novo assembly of genomes for which there is no reference, is essential for novel species discovery and metagenomics. In this work, we accelerate two key performance bottlenecks of DBG-based assembly, graph construction and graph traversal, with a near-data processing (NDP) architecture based on 3...

Celý popis

Podrobná bibliografie

Vydáno v:	2021 30th International Conference on Parallel Architectures and Compilation Techniques (PACT) s. 199 - 212
Hlavní autoři:	Zhou, Minxuan, Wu, Lingxi, Li, Muzhou, Moshiri, Niema, Skadron, Kevin, Rosing, Tajana
Médium:	Konferenční příspěvek
Jazyk:	angličtina
Vydáno:	IEEE 01.09.2021
Témata:	Accelerator Design Bandwidth Bioinformatics Genomics Message passing Parallel processing Precision medicine Processing in memory Vaccines
On-line přístup:	Získat plný text
Tagy:	Přidat tag Žádné tagy, Buďte první, kdo vytvoří štítek k tomuto záznamu!