Evaluation of Polymerase Chain Reaction Conditions and Primer Specificity for Plasmodium vivax 18S rRNA gene Detection Across Different Parasite Life Stages.
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| Title: | Evaluation of Polymerase Chain Reaction Conditions and Primer Specificity for Plasmodium vivax 18S rRNA gene Detection Across Different Parasite Life Stages. |
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| Alternate Title: | Evaluación de las condiciones de la reacción en cadena de la polimerasa y de la especificidad de los cebadores para la detección del gen ARNr 18S del Plasmodium vivax en diferentes etapas del ciclo de vida del parásito. (Spanish) |
| Authors: | Noviar, Ganjar, Rahmah, Alda, Rahayu, Indra Lesmana, Rahayu, Ira Gustira, Merdekawati, Fusvita, Sulaeman, Indra, Asep Iin Nur |
| Source: | Gaceta Médica de Caracas; 2026 Supplement, Vol. 134, pS125-S134, 10p |
| Subject Terms: | PLASMODIUM vivax, MALARIA, DIAGNOSTIC use of polymerase chain reaction, PARASITE life cycles, REVERSE transcriptase polymerase chain reaction, NUCLEOTIDES |
| Abstract (English): | Introduction: Malaria caused by Plasmodium vivax remains widespread, with dormant liver stages that can trigger relapses. This study aimed to optimize denaturation and extension temperatures for qPCR detection of the P. vivax 18S rRNA gene, following previous optimization of primer concentration and annealing temperature. Methods: A quasi-experimental design was used to evaluate denaturation (90°C, 95°C, and 97°C) and extension (58°C, 60°C, and 62°C) temperatures, with a constant primer concentration of 300 nM. Seventeen malaria-positive samples representing different parasite life stages, as well as samples containing other Plasmodium species and normal blood, were tested microscopically and by qPCR using specific primers (23 bp forward, 22 bp reverse). Results: Optimal amplification was achieved at 90°C for denaturation and 60°C for extension, yielding a mean Ct value of 18.49 for P. vivax. qPCR successfully detected parasites at various developmental stages and remained negative for normal blood and for samples suspected of containing other Plasmodium species, thereby confirming primer specificity. Conclusion: The optimized qPCR conditions (90°C denaturation, 60°C extension) provided specific and sensitive detection of P. vivax 18S rRNA gene across multiple life stages, supporting their use for reliable malaria diagnosis and molecular surveillance. [ABSTRACT FROM AUTHOR] |
| Abstract (Spanish): | Introducción: La malaria causada por Plasmodium vivax sigue siendo ampliamente prevalente, con etapas hepáticas latentes que pueden provocar recaídas. Este estudio tuvo como objetivo optimizar las temperaturas de desnaturalización y de extensión para la detección, mediante qPCR, del gen 18S rRNA de P. vivax, siguiendo una optimización previa de la concentración de cebadores y de la temperatura de alineamiento. Métodos: Se empleó un diseño cuasiexperimental para evaluar las temperaturas de desnaturalización (90 °C, 95 °C, 97 °C) y de extensión (58 °C, 60 °C, 62 °C), manteniendo la concentración de cebadores en 300 nM. Se analizaron dieciocho muestras positivas de malaria que representaban diferentes etapas del ciclo del parásito, así como muestras de otras especies de Plasmodium y de sangre normal. Las pruebas se realizaron mediante análisis microscópico y qPCR utilizando cebadores de 23 pb (adelante) y 22 pb (reverso). Resultados: Se logró una amplificación óptima a 90 °C para la desnaturalización y 60 °C para la extensión, obteniéndose un valor medio de Ct de 18,49 para P. vivax. La qPCR detectó con éxito los parásitos en varias etapas de su desarrollo y resultó negativa tanto en la sangre normal como en las muestras sospechosas de otras especies de Plasmodium, lo que confirmó la especificidad de los cebadores. Conclusión: Las condiciones optimizadas de qPCR (90 °C de desnaturalización y 60 °C de extensión) permiten una detección específica y sensible del gen 18S rRNA de P. vivax en múltiples etapas de su vida, lo que respalda su aplicación para un diagnóstico confiable de malaria y la vigilancia molecular. [ABSTRACT FROM AUTHOR] |
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