Výsledky vyhledávání - [INFO:INFO_BI] Computer Science/Bioinformatics

Exploiting parallel features of modern computer architectures in bioinformatics : applications to genetics, structure comparison and large graph analysis

Autoři: Chapuis, Guillaume

Témata: [INFO:INFO_BI] Computer Science/Bioinformatics, [INFO:INFO_BI] Informatique/Bio-informatique, [SDV:BIBS] Life Sciences/Quantitative Methods, [SDV:BIBS] Sciences du Vivant/Bio-Informatique, Biologie Systémique, Bioinformatics, High performance computing

Dostupnost: http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01012222
http://tel.archives-ouvertes.fr/docs/01/01/22/22/PDF/Chapuis2013.pdf

Problèmes de réarrangement avec marqueurs génomiques dupliqués

Autoři: Thomas, Antoine

Témata: [INFO:INFO_DS] Computer Science/Data Structures and Algorithms, [INFO:INFO_DS] Informatique/Algorithme et structure de données, [INFO:INFO_BI] Computer Science/Bioinformatics, [INFO:INFO_BI] Informatique/Bio-informatique, [SDV:BIBS] Life Sciences/Quantitative Methods, [SDV:BIBS] Sciences du Vivant/Bio-Informatique, Biologie Systémique, ́bioinformatique, génomique comparative, réarrangements, marqueurs dupliqués, genome halving, duplication en tandem, breakpoints, inversion, DCJ, échange de blocs

Dostupnost: http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01067114
http://tel.archives-ouvertes.fr/docs/01/06/71/14/PDF/AntoineThomas_these.pdf

Étude de l'anesthésie générale à l'échelle atomique par modélisation d'un homologue bactérien du récepteur nicotinique humain

Autoři: Laurent, Benoist

Témata: [SDV:BBM:BC] Life Sciences/Biochemistry, Molecular Biology/Biomolecules, [SDV:BBM:BC] Sciences du Vivant/Biochimie, Biologie Moléculaire/Biochimie, [STAT:AP] Statistics/Applications, [STAT:AP] Statistiques/Applications, [INFO:INFO_DC] Computer Science/Distributed, Parallel, and Cluster Computing, [INFO:INFO_DC] Informatique/Calcul parallèle, distribué et partagé, [INFO:INFO_BI] Computer Science/Bioinformatics, [INFO:INFO_BI] Informatique/Bio-informatique, [SDV:BIBS] Life Sciences/Quantitative Methods, [SDV:BIBS] Sciences du Vivant/Bio-Informatique, Biologie Systémique, [INFO:INFO_MO] Computer Science/Modeling and Simulation, [INFO:INFO_MO] Informatique/Modélisation et simulation, modélisation moléculaire, nicotinique, pLGIC, GLIC, Epock

Dostupnost: http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01053431
http://tel.archives-ouvertes.fr/docs/01/05/34/31/PDF/thesis-optimized.pdf

Exploiter les capacités parallèles des architectures modernes en bioinformatique applications à la génétique, la comparaison de structures et l'analyse de larges graphes

Autoři: Chapuis, Guillaume

Témata: [INFO:INFO_BI] Computer Science/Bioinformatics, [INFO:INFO_BI] Informatique/Bio-informatique, [SDV:BIBS] Life Sciences/Quantitative Methods, [SDV:BIBS] Sciences du Vivant/Bio-Informatique, Biologie Systémique, [INFO:INFO_DC] Computer Science/Distributed, Parallel, and Cluster Computing, [INFO:INFO_DC] Informatique/Calcul parallèle, distribué et partagé, Calcul haute performance, bioinformatique, GPGPU

Dostupnost: http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00912553
http://tel.archives-ouvertes.fr/docs/00/91/25/53/PDF/gchapuis-thesis.pdf

Fouille de Sous-graphes Basée sur la Topologie et la Connaissance du Domaine: Application sur les Structures 3D de Protéines

Autoři: Dhifli, Wajdi

Témata: [INFO:INFO_LG] Computer Science/Machine Learning, [INFO:INFO_LG] Informatique/Apprentissage, [STAT:ML] Statistics/Machine Learning, [STAT:ML] Statistiques/Machine Learning, [INFO:INFO_BI] Computer Science/Bioinformatics, [INFO:INFO_BI] Informatique/Bio-informatique, [SDV:BIBS] Life Sciences/Quantitative Methods, [SDV:BIBS] Sciences du Vivant/Bio-Informatique, Biologie Systémique, Sélection de motifs, fouille de motifs, sous-graphe fréquent, sous-graphe représentant non-substitué, graphe représentant topologique, structure de protéine

Dostupnost: http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00922209
http://tel.archives-ouvertes.fr/docs/00/92/22/09/PDF/Thesis_Manuscript_Wajdi_Dhifli_Topological_and_Domain_Knowledge-based_Subgraph_Mining.pdf

Algorithmes bio-informatiques pour l'analyse de données de séquençage à haut débit

Autoři: Kopylova, Evguenia

Témata: [INFO:INFO_BI] Computer Science/Bioinformatics, [INFO:INFO_BI] Informatique/Bio-informatique, [SDV:BIBS] Life Sciences/Quantitative Methods, [SDV:BIBS] Sciences du Vivant/Bio-Informatique, Biologie Systémique, [INFO:INFO_TT] Computer Science/Document and Text Processing, [INFO:INFO_TT] Informatique/Traitement du texte et du document, [INFO:INFO_DS] Computer Science/Data Structures and Algorithms, [INFO:INFO_DS] Informatique/Algorithme et structure de données, Metagenomique

Dostupnost: http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00919185
http://tel.archives-ouvertes.fr/docs/00/96/36/96/PDF/these.pdf

Déterminants évolutionnistes de la socialité : le rôle de la formation de groupe

Autoři: Garcia, Thomas

Témata: [SDV:BID:EVO] Life Sciences/Biodiversity/Populations and Evolution, [SDV:BID:EVO] Sciences du Vivant/Biodiversité/Evolution, [SDV:BC:IC] Life Sciences/Cellular Biology/Cell Behavior, [SDV:BC:IC] Sciences du Vivant/Biologie cellulaire/Interactions cellulaires, [SDV:EE:IEO] Life Sciences/Ecology, environment/Symbiosis, [SDV:EE:IEO] Sciences du Vivant/Ecologie, Environnement/Interactions entre organismes, [INFO:INFO_BI] Computer Science/Bioinformatics, [INFO:INFO_BI] Informatique/Bio-informatique, [SDV:BIBS] Life Sciences/Quantitative Methods, [SDV:BIBS] Sciences du Vivant/Bio-Informatique, Biologie Systémique, [INFO:INFO_MO] Computer Science/Modeling and Simulation, [INFO:INFO_MO] Informatique/Modélisation et simulation, [INFO:INFO_MA] Computer Science/Multiagent Systems, [INFO:INFO_MA] Informatique/Système multi-agents, [PHYS:COND:CM_SCM] Physics/Condensed Matter/Soft Condensed Matter, [PHYS:COND:CM_SCM] Physique/Matière Condensée/Matière Molle, évolution de la socialité, évolution de la coopération, théorie des jeux évolutionniste, assortiment différentiel, modèles à particules auto-propulsées, formation de groupes, adhésion cellulaire, micro-organismes sociaux

Dostupnost: http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01018209
http://tel.archives-ouvertes.fr/docs/01/01/82/09/PDF/thA_se.pdf

Application des méthodes à noyaux sur graphes pour la prédiction des propriétés des molécules.

Autoři: Gaüzère, Benoit

Témata: [CHIM:CHEM] Chemical Sciences/Cheminformatics, [CHIM:CHEM] Chimie/Chemo-informatique, [INFO:INFO_LG] Computer Science/Machine Learning, [INFO:INFO_LG] Informatique/Apprentissage, [INFO:INFO_BI] Computer Science/Bioinformatics, [INFO:INFO_BI] Informatique/Bio-informatique, [SDV:BIBS] Life Sciences/Quantitative Methods, [SDV:BIBS] Sciences du Vivant/Bio-Informatique, Biologie Systémique, Noyau (analyse fonctionnelle), Chimie-informatique, Reconnaissance des formes (informatique), Apprentissage automatique

Dostupnost: http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00933187
http://tel.archives-ouvertes.fr/docs/00/93/31/87/PDF/these-v1.pdf

Exploration de la reconnaissance de la courbure membranaire par le motif ALPS

Autoři: Vamparys, Lydie

Témata: [INFO:INFO_MO] Computer Science/Modeling and Simulation, [INFO:INFO_MO] Informatique/Modélisation et simulation, [INFO:INFO_BI] Computer Science/Bioinformatics, [INFO:INFO_BI] Informatique/Bio-informatique, [SDV:BIBS] Life Sciences/Quantitative Methods, [SDV:BIBS] Sciences du Vivant/Bio-Informatique, Biologie Systémique, Modélisation moléculaire, Structure et dynamique des membranes, Simulations de dynamique moléculaire, Insertion et repliement de peptides, Interaction peptide-membrane, Lipides membranaires, Courbure membranaire, Transport vésiculaire

Dostupnost: http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00934412
http://tel.archives-ouvertes.fr/docs/00/93/44/12/PDF/These_Lydie_Vamparys_version_finale.pdf

Couplage de modèles population et individu-centrés pour la simulation parallélisée des systèmes biologiques : application à la coagulation du sang

Autoři: Crépin, Laurent

Témata: [INFO:INFO_DC] Computer Science/Distributed, Parallel, and Cluster Computing, [INFO:INFO_DC] Informatique/Calcul parallèle, distribué et partagé, [INFO:INFO_BI] Computer Science/Bioinformatics, [INFO:INFO_BI] Informatique/Bio-informatique, [SDV:BIBS] Life Sciences/Quantitative Methods, [SDV:BIBS] Sciences du Vivant/Bio-Informatique, Biologie Systémique, [INFO:INFO_MO] Computer Science/Modeling and Simulation, [INFO:INFO_MO] Informatique/Modélisation et simulation, Simulation des systèmes biologiques, Parallélisation, Couplage multi-modèles, Coagulation du sang

Dostupnost: http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00880516
http://tel.archives-ouvertes.fr/docs/01/06/22/56/PDF/These-2013-SICMA-Informatique-CREPIN_Laurent.pdf

Designing scientific workflows following a structure and provenance-aware strategy

Autoři: Chen, Jiuqiang

Témata: [INFO:INFO_DB] Computer Science/Databases, [INFO:INFO_DB] Informatique/Base de données, [INFO:INFO_BI] Computer Science/Bioinformatics, [INFO:INFO_BI] Informatique/Bio-informatique, [SDV:BIBS] Life Sciences/Quantitative Methods, [SDV:BIBS] Sciences du Vivant/Bio-Informatique, Biologie Systémique, [INFO:INFO_DS] Computer Science/Data Structures and Algorithms, [INFO:INFO_DS] Informatique/Algorithme et structure de données, workflows scientifiques, provenance, integration de données biologiques, graphes series-paralleles

Dostupnost: http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00931122
http://tel.archives-ouvertes.fr/docs/00/93/11/22/PDF/PhD_document_final_chen.pdf

Etude de la variabilité des contributions de nutriments à un réseau métabolique : modélisation, optimisation et application en nutrition

Autoři: Abdou-Arbi, Oumarou

Témata: [INFO:INFO_BI] Computer Science/Bioinformatics, [INFO:INFO_BI] Informatique/Bio-informatique, [SDV:BIBS] Life Sciences/Quantitative Methods, [SDV:BIBS] Sciences du Vivant/Bio-Informatique, Biologie Systémique, [INFO:INFO_RO] Computer Science/Operations Research, [INFO:INFO_RO] Informatique/Recherche opérationnelle, bioinformatique, optimisation, analyse de distribution de flux, variabilité, rendements, modèle nutritionnel

Dostupnost: http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00924200
http://tel.archives-ouvertes.fr/docs/00/92/42/00/PDF/these_ABDOU-ARBI_finale.pdf
http://tel.archives-ouvertes.fr/docs/00/92/42/00/ANNEX/BeamerThese_Oumarou_final.pdf

Ordres et désordres dans l'algorithmique du génome

Autoři: Bulteau, Laurent

Témata: [INFO:INFO_DS] Computer Science/Data Structures and Algorithms, [INFO:INFO_DS] Informatique/Algorithme et structure de données, [INFO:INFO_BI] Computer Science/Bioinformatics, [INFO:INFO_BI] Informatique/Bio-informatique, [SDV:BIBS] Life Sciences/Quantitative Methods, [SDV:BIBS] Sciences du Vivant/Bio-Informatique, Biologie Systémique, Génomique comparative, Théorie de la complexité, Algorithmes paramétrés, Approximabilité

Dostupnost: http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00906929
http://tel.archives-ouvertes.fr/docs/00/90/69/29/PDF/manuscrit-these-Bulteau.pdf

Inférence de réseaux d'interaction protéine-protéine par apprentissage statistique

Autoři: Brouard, Céline

Témata: [INFO:INFO_LG] Computer Science/Machine Learning, [INFO:INFO_LG] Informatique/Apprentissage, [INFO:INFO_BI] Computer Science/Bioinformatics, [INFO:INFO_BI] Informatique/Bio-informatique, [SDV:BIBS] Life Sciences/Quantitative Methods, [SDV:BIBS] Sciences du Vivant/Bio-Informatique, Biologie Systémique, interactions protéine-protéine, prédiction de liens, méthodes à noyaux, apprentissage semi-supervisé, espace de Hilbert à noyaux reproduisants, noyau à valeur opérateur, régression à noyau de sortie, sorties structurées

Dostupnost: http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00845692
http://tel.archives-ouvertes.fr/docs/00/84/56/92/PDF/These.pdf
http://tel.archives-ouvertes.fr/docs/00/84/56/92/ANNEX/pres_these.pdf

Comparaisons de séquences biologiques sur architecture massivement multi-cœurs

Autoři: Tran, Tuan Tu

Témata: [INFO:INFO_DS] Computer Science/Data Structures and Algorithms, [INFO:INFO_DS] Informatique/Algorithme et structure de données, [INFO:INFO_BI] Computer Science/Bioinformatics, [INFO:INFO_BI] Informatique/Bio-informatique, [SDV:BIBS] Life Sciences/Quantitative Methods, [SDV:BIBS] Sciences du Vivant/Bio-Informatique, Biologie Systémique, [INFO:INFO_AR] Computer Science/Hardware Architecture, [INFO:INFO_AR] Informatique/Architectures Matérielles, [INFO:INFO_DC] Computer Science/Distributed, Parallel, and Cluster Computing, [INFO:INFO_DC] Informatique/Calcul parallèle, distribué et partagé, Bioinformatique, Calcul intensif, Parallélisme, Processeurs massivement multi-coeurs, Cartes graphiques, GPU, Comparaisons de séquences, Heuristiques à base de graines

Dostupnost: http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00832663
http://tel.archives-ouvertes.fr/docs/00/83/26/63/PDF/phd-tuan-tu-tran.pdf

Sur la bio-informatique des réseaux d'automates

Autoři: Sené, Sylvain

Témata: [INFO:INFO_DM] Computer Science/Discrete Mathematics, [INFO:INFO_DM] Informatique/Mathématique discrète, [INFO:INFO_FL] Computer Science/Formal Languages and Automata Theory, [INFO:INFO_FL] Informatique/Théorie et langage formel, [INFO:INFO_BI] Computer Science/Bioinformatics, [INFO:INFO_BI] Informatique/Bio-informatique, [SDV:BIBS] Life Sciences/Quantitative Methods, [SDV:BIBS] Sciences du Vivant/Bio-Informatique, Biologie Systémique, [MATH:MATH_DS] Mathematics/Dynamical Systems, [MATH:MATH_DS] Mathématiques/Systèmes dynamiques, Bio-informatique théorique, réseaux d'automates, systèmes dynamiques discrets, robustesse environnementale, combinatoire comportementale, robustesse structurelle et non-monotonie

Dostupnost: http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00759287
http://tel.archives-ouvertes.fr/docs/00/75/92/87/PDF/my_hdr.pdf

Comparaison de réseaux biologiques

Autoři: Mohamed Babou, Hafedh

Témata: [INFO:INFO_BI] Computer Science/Bioinformatics, [INFO:INFO_BI] Informatique/Bio-informatique, [SDV:BIBS] Life Sciences/Quantitative Methods, [SDV:BIBS] Sciences du Vivant/Bio-Informatique, Biologie Systémique, [INFO:INFO_DS] Computer Science/Data Structures and Algorithms, [INFO:INFO_DS] Informatique/Algorithme et structure de données, [INFO:INFO_CC] Computer Science/Computational Complexity, [INFO:INFO_CC] Informatique/Complexité, Réseaux hétérogènes, Biologie computationnelle, NP-difficulté, APX-difficulté, Complexité paramétrée, Heuristiques, Branch-and-Bound

Dostupnost: http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00767578
http://tel.archives-ouvertes.fr/docs/00/76/75/78/PDF/These-Hafedh.pdf

Méthodes numériques et formelles pour l'ingénierie des réseaux biologiques : traitement de l'information par des populations d'oscillateurs. Approches par contraintes et Taxonomie des réseaux biologiques

Autoři: Ben amor, Mohamed hedi

Témata: [SCCO:COMP] Cognitive science/Computer science, [SCCO:COMP] Sciences cognitives/Informatique, [INFO:INFO_MO] Computer Science/Modeling and Simulation, [INFO:INFO_MO] Informatique/Modélisation et simulation, [INFO:INFO_NE] Computer Science/Neural and Evolutionary Computing, [INFO:INFO_NE] Informatique/Réseau de neurones, [SDV:BIBS] Life Sciences/Quantitative Methods, [SDV:BIBS] Sciences du Vivant/Bio-Informatique, Biologie Systémique, [INFO:INFO_BI] Computer Science/Bioinformatics, [INFO:INFO_BI] Informatique/Bio-informatique, [NLIN:NLIN_CG] Nonlinear Sciences/Cellular Automata and Lattice Gases, [NLIN:NLIN_CG] Science non linéaire/Automates cellulaires et gaz sur réseau, Évocation mnésique, Synchronisation et désynchronisation, Populations d'oscillateurs, Approche par contraintes, Robustesse, Réseaux de régulation génétique

Dostupnost: http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00778673
http://tel.archives-ouvertes.fr/docs/00/85/89/43/PDF/Amor.pdf

Réseaux bayésiens et apprentissage ensembliste pour l'étude différentielle de réseaux de régulation génétique

Autoři: Nguyen, Hoai-Tuong

Témata: [INFO:INFO_AI] Computer Science/Artificial Intelligence, [INFO:INFO_AI] Informatique/Intelligence artificielle, [INFO:INFO_BI] Computer Science/Bioinformatics, [INFO:INFO_BI] Informatique/Bio-informatique, [SDV:BIBS] Life Sciences/Quantitative Methods, [SDV:BIBS] Sciences du Vivant/Bio-Informatique, Biologie Systémique, réseaux bayésiens, apprentissage ensembliste, étude différentielle, réseaux de régulation génétique

Dostupnost: http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00675310
http://tel.archives-ouvertes.fr/docs/00/67/53/10/PDF/These-Hoai-Tuong-NGUYEN.pdf

Comparaison de novo de données de séquençage issues de très grands échantillons métagénomiques : application sur le projet Tara Oceans

Autoři: Maillet, Nicolas

Zdroj: INRIA a CCSD electronic archive server

Témata: [INFO:INFO_OH] Informatique/Autre, Bioinformatique, [SDV:BIBS] Sciences du Vivant/Bio-Informatique, Biologie Systémique, [INFO:INFO_BI] Informatique/Bio-informatique, [SDV:SA] Sciences du Vivant/Sciences agricoles, Tara Oceans, [INFO:INFO_OH] Computer Science/Other, [SDV:SA] Life Sciences/Agricultural sciences, Filtre de Bloom, Métagénomique comparative, [SDV:BIBS] Life Sciences/Quantitative Methods, [INFO:INFO_BI] Computer Science/Bioinformatics

Přístupová URL adresa: http://tel.archives-ouvertes.fr/docs/00/93/56/83/PDF/Maillet_Nicolas.pdf
http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00941922
http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00912531
http://tel.archives-ouvertes.fr/docs/00/94/19/22/PDF/Maillet_Nicolas.pdf