Suchergebnisse - "Dinàmica molecular"

Functional cavitands as artificial enzymes: bridging computational and synthetic strategies for supramolecular catalysis and beyond

Autoren: Lopez Coll, Ricard

Weitere Verfasser: University/Department: Universitat de Girona. Departament de Química, University/Department: Universitat de Girona. Institut de Química Computacional i Catàlisi

Thesis Advisors: Lledó Ponsati, Agustí, Roglans i Ribas, Anna

Quelle: TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)

Schlagwörter: Química orgànica, Química orgánica, Organic chemistry, Química supramolecular, Supramolecular chemistry, Receptors artificials, Receptores artificiales, Artificial receptors, Cavitands funcionals, Cavitandos funcionales, Functional cavitands, Disseny racional, Diseño racional, Rational design, Catàlisi bioinspirada, Catálisis bioinspirada, Bioinspired catalysis, Simulacions de dinàmica molecular, Simulaciones de dinámica molecular, Molecular dynamics (MD) simulations

Dateibeschreibung: application/pdf

Zugangs-URL: http://hdl.handle.net/10803/695484

Generation of theoretical DHICA melanin models for the simulation of optical spectra

Autoren: Bosch i Coch, Daniel

Weitere Verfasser: University/Department: Universitat de Girona. Departament de Química, University/Department: Universitat de Girona. Institut de Química Computacional i Catàlisi

Thesis Advisors: Blancafort San José, Lluís

Quelle: TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)

Schlagwörter: Aprenentatge automàtic, Aprendizaje automático, Machine learning, Melanina, Melanin, Dinàmica molecular, Dinámica molecular, Molecular dynamics, Model cinètic, Modelo cinético, Kinetic model, Xarxes neuronals, Redes neuronales, Neural networks, DHICA, Química d'estat excitat, Química del estado excitado, Excited-state chemistry

Dateibeschreibung: application/pdf

Zugangs-URL: http://hdl.handle.net/10803/695449

Rational design of tryptophan synthases through conformation and correlation-based allosteric networks

Autoren: Duran Rebenaque, Cristina

Weitere Verfasser: University/Department: Universitat de Girona. Departament de Química, University/Department: Universitat de Girona. Institut de Química Computacional i Catàlisi

Thesis Advisors: Osuna Oliveras, Sílvia

Quelle: TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)

Schlagwörter: Catàlisi, Catálisis, Catalysis, Dinàmica molecular, Dinámica molecular, Molecular dynamics, Enzims, Enzimas, Enzymes, Flexibilitat conformacional, Flexibilidad conformacional, Conformational flexibility, Al·losteria, Alosterio, Allostery, Eines basades en la correlació, Herramientas basadas en correlación, Correlation-based tools, Triptòfan sintasa, Triptófano sintasa, Tryptophan synthase

Dateibeschreibung: application/pdf

Zugangs-URL: http://hdl.handle.net/10803/694903

Characterization of protein conformational ensembles from Förster resonance energy transfer simulations

Autoren: Gonzalo Palao, Daniel

Weitere Verfasser: University/Department: Universitat de Barcelona. Departament de Ciència dels Materials i Química Física

Thesis Advisors: Curutchet Barat, Carles E., Deumal i Solé, Mercè

Quelle: TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)

Schlagwörter: Teoria quàntica, Teoría cuántica, Quantum theory, Nivells d'energia (Mecànica quàntica), Niveles de energía (Mecánica cuántica), Energy levels (Quantum mechanics), Dinàmica molecular, Dinámica molecular, Molecular dynamics, Conformació de proteïnes, Conformación de proteínas, Proteins conformation, Calmodulina, Calmodulin, Ciències Experimentals i Matemàtiques

Dateibeschreibung: application/pdf

Zugangs-URL: http://hdl.handle.net/10803/695505

Novel geometric representations and optimized frameworks for deep learning models of interatomic potentials

Autoren: Simeon, Guillem

Weitere Verfasser: University/Department: Universitat Pompeu Fabra. Departament de Tecnologies de la Informació i les Comunicacions

Thesis Advisors: De Fabritiis, Gianni

Quelle: TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)

Schlagwörter: Aprenentatge profund geomètric, Xarxes neuronals equivariants, Potentials interatòmics d’aprenentatge automàtic, Simulacions atomístiques, Dinàmica molecular, Geometric deep learning, Equivariant neural networks, Machine learning interatomic potentials, Atomistic simulations, Molecular dynamics

Dateibeschreibung: application/pdf

Zugangs-URL: http://hdl.handle.net/10803/694548

Multiscale modelling of light harvesting, catalysis and ligand binding in biosystems

Autoren: Özaydin, Beste

Weitere Verfasser: University/Department: Universitat de Barcelona. Departament de Farmàcia i Tecnologia farmacèutica i Físicoquímica

Thesis Advisors: Curutchet Barat, Carles E., Juárez Jiménez, Jordi

Quelle: TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)

Schlagwörter: Enzimologia, Enzimología, Enzymology, Catàlisi, Catálisis, Catalysis, Lligands (Bioquímica), Ligandos (Bioquímica), Ligands (Biochemistry), Modelització multiescala, Modelos multiescala, Multiscale modeling, Dinàmica molecular, Dinámica molecular, Molecular dynamics, Ciències de la Salut

Dateibeschreibung: application/pdf

Zugangs-URL: http://hdl.handle.net/10803/694779

Elucidating the dynamics of the 3D GPCRome

Autoren: Aranda-García, David

Weitere Verfasser: University/Department: Universitat Pompeu Fabra. Departament de Medicina i Ciències de la Vida

Thesis Advisors: Selent, Jana

Quelle: TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)

Schlagwörter: Receptor Acoblat a Proteïna G (GPCR), Biologia estructural, Proteïna G, Descobriment de fàrmacs, Dinàmica molecular (MD), G protein-Coupled receptor (GPCR), Structural biology, G-proteins, Drug discovery, Molecular Dynamics (MD)

Dateibeschreibung: application/pdf

Zugangs-URL: http://hdl.handle.net/10803/693636

Development and application of computational methods to address current challenges in drug discovery

Autoren: Serrano Morrás, Álvaro

Weitere Verfasser: University/Department: Universitat de Barcelona. Departament de Farmàcia i Tecnologia farmacèutica i Físicoquímica

Thesis Advisors: Galdeano Cantador, Carlos, Barril Alonso, Xavier

Quelle: TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)

Schlagwörter: Desenvolupament de medicaments, Desarrollo de los medicamentos, Drug development, Lligands (Bioquímica), Ligandos (Bioquímica), Ligands (Biochemistry), Dinàmica molecular, Dinámica molecular, Molecular dynamics, Ciències de la Salut

Dateibeschreibung: application/pdf

Zugangs-URL: http://hdl.handle.net/10803/694362

A Dynamical Perspective of the Environment in the Electronic Properties of Polyoxometalates. Accounting for Aggregation in Quantum Mechanical Calculations

Autoren: Masip Sánchez, Albert

Weitere Verfasser: University/Department: Universitat Rovira i Virgili. Departament de Química Física i Inorgànica

Thesis Advisors: López Fernández, Javier, Poblet Rius, Josep Maria

Quelle: TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)

Schlagwörter: Càlculs DFT, Dinàmica molecular, Entorn, Cálculos DFT, Dinámica molecular, Entorno, DFT calculations, Molecular Dynamics, Environment, Ciències

Dateibeschreibung: application/pdf

Zugangs-URL: http://hdl.handle.net/10803/692316

Analysis of consensus motions in proteins through molecular dynamics simulations

Autoren: Jordà Bordoy, Luis

Weitere Verfasser: University/Department: Universitat de Barcelona. Departament de Bioquímica i Biomedicina Molecular

Thesis Advisors: Gelpi Buchaca, Josep Lluís

Quelle: TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)

Schlagwörter: Bioinformàtica, Bioinformática, Bioinformatics, Dinàmica molecular, Dinámica molecular, Molecular dynamics, Proteïnes, Proteínas, Proteins, Proteïnes quinases, Proteínas quinasas, Protein kinases, Ciències Experimentals i Matemàtiques

Dateibeschreibung: application/pdf

Zugangs-URL: http://hdl.handle.net/10803/690439

Characterization of allosteric communication networks in GPCRs

Autoren: Morales Pastor, Adrián

Weitere Verfasser: University/Department: Universitat Pompeu Fabra. Departament de Medicina i Ciències de la Vida

Thesis Advisors: Selent, Jana

Quelle: TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)

Schlagwörter: G protein-coupled receptor, Allosteric communication, Molecular dynamics simulations, Machine learning, Graph theory, Receptores acoplados a proteina G, Comunicación alostérica, Simulaciones de dinámica molecular, Aprendizaje automático, Teoría de grafos

Dateibeschreibung: application/pdf

Zugangs-URL: http://hdl.handle.net/10803/690637

Computational modelling to study medium effect over molecules and biopolymers of interest in biomedicine

Autoren: Barazorda Ccahuana, Haruna Luz

Weitere Verfasser: University/Department: Universitat de Barcelona. Facultat de Química

Thesis Advisors: Madurga Díez, Sergio, Mas i Pujadas, Francesc

Quelle: TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)

Schlagwörter: Quimioinformàtica, Quimioinformática, Cheminformatics, Dinàmica molecular, Dinámica molecular, Molecular dynamics, Simulació per ordinador, Simulación por ordenador, Computer simulation, Ciències Experimentals i Matemàtiques

Dateibeschreibung: application/pdf

Zugangs-URL: http://hdl.handle.net/10803/689422

Computational exploration and design of HHDH variants with novel synthetically useful functionalities

Autoren: Estévez-Gay, Miquel

Weitere Verfasser: University/Department: Universitat de Girona. Institut de Química Computacional i Catàlisi, University/Department: Universitat de Girona. Departament de Química

Thesis Advisors: Osuna Oliveras, Sílvia

Quelle: TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)

Schlagwörter: Dinàmica molecular, Molecular dynamics, Dinámica molecular, Biocatàlisi, Biocatalysis, Biocatálisis, Dinàmica conformacional, Conformational dynamics, Dinámica conformacional, Halohydrin dehalogenases, Enginyeria d'enzims, Enzyme engineering, Ingeniería de enzimas

Dateibeschreibung: application/pdf

Zugangs-URL: http://hdl.handle.net/10803/689477

Computational strategies for understanding the molecular basis of biochemical and biocatalytic processes

Autoren: Calvó-Tusell, Carla

Weitere Verfasser: University/Department: Universitat de Girona. Departament de Química

Thesis Advisors: Osuna Oliveras, Sílvia, García Borràs, Marc, Swart, Marcel, Institut de Química Computacional i Catàlisi

Quelle: TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)

Schlagwörter: Dinàmica molecular, Dinámica molecular, Molecular dynamics, Biocatàlisi, Biocatálisis, Biocatalysis, Al·losteria, Alosterio, Allostery, Dinàmica conformacional, Dinámica conformacional, Conformational dynamics, Free energy landscape, Tècniques de mostreig millorades, Técnicas de mostreo mejoradas, Enhanced sampling techniques, Enginyeria d'enzims, Ingeniería de enzimas, Enzyme engineering

Dateibeschreibung: application/pdf

Zugangs-URL: http://hdl.handle.net/10803/688912

Computational Modelling of the pH Effect on Intrinsically Disordered Proteins

Autoren: Privat Contreras, Cristian

Weitere Verfasser: University/Department: Universitat de Barcelona. Facultat de Química

Thesis Advisors: Rubio Martínez, Jaime, Madurga Díez, Sergio, Mas i Pujadas, Francesc

Quelle: TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)

Schlagwörter: Biologia molecular, Biología molecular, Molecular biology, Dinàmica molecular, Dinámica molecular, Molecular dynamics, Proteïnes, Proteínas, Proteins, Simulació per ordinador, Simulación por ordenador, Computer simulation, Ciències Experimentals i Matemàtiques

Dateibeschreibung: application/pdf

Zugangs-URL: http://hdl.handle.net/10803/688152

Exploring G protein-coupled receptor allosterism by in silico methods

Autoren: Díaz Sanzo, Óscar

Thesis Advisors: Giraldo, Jesús

Quelle: TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)

Schlagwörter: GPCR, Al·lostèric, Alostérico, Allosteric, Dinàmica molecular, Dinámica molecular, Molecular dynamics, Ciències Experimentals

Dateibeschreibung: application/pdf

Zugangs-URL: http://hdl.handle.net/10803/689667

Elucidating the role of conformational dynamics of Aspergillus niger Monoamine oxidase towards enzymatic chiral amines synthesis

Autoren: Curado Carballada, Christian

Weitere Verfasser: University/Department: Universitat de Girona. Departament de Química, University/Department: Universitat de Girona. Institut de Química Computacional i Catàlisi

Thesis Advisors: Osuna Oliveras, Sílvia, Feixas Geronès, Ferran, Swart, Marcel

Quelle: TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)

Schlagwörter: Dinàmica molecular, Dinámica molecular, Molecular dynamics, Biocatàlisi, Biocatálisis, Biocatalysis, Markov State Model, Dinàmica conformacional, Dinámica conformacional, Conformational dynamics, Amines, Superfície d'energia lliure, Superficie de energía libre, Free energy landscape, Mutacions distals, Mutaciones distales, Distal mutations

Dateibeschreibung: application/pdf

Zugangs-URL: http://hdl.handle.net/10803/688466

Parmbsc2: Development of an accurate force field for nucleic acids simulations

Autoren: Gallego Pérez, Diego

Weitere Verfasser: University/Department: Universitat de Barcelona. Departament de Bioquímica i Biomedicina Molecular

Thesis Advisors: Orozco López, Modesto, Dans Puiggròs, Pablo D.

Quelle: TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)

Schlagwörter: Bioinformàtica, Bioinformática, Bioinformatics, Àcids nucleics, Ácidos nucleicos, Nucleic acids, Dinàmica molecular, Dinámica molecular, Molecular dynamics, Aprenentatge automàtic, Aprendizaje automático, Machine learning, Mètodes de simulació, Métodos de simulación, Simulation methods, Ciències Experimentals i Matemàtiques

Dateibeschreibung: application/pdf

Zugangs-URL: http://hdl.handle.net/10803/676030

G protein-coupled receptors: providing mechanistic explanations to ligand-receptor and receptor-receptor interactions through in silico studies

Autoren: Ricarte Marín, Adrián

Thesis Advisors: Giraldo, Jesús, Dalton, James Andrew Rupert

Quelle: TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)

Schlagwörter: Receptors acoblats a proteïnes G, Receptores acoplados a proteinas G, G protein coupled receptors, Dinàmica molecular, Dinámica molecular, Molecular dynamics, Estructura 3d, 3d Structure, Ciències de la Salut

Dateibeschreibung: application/pdf

Zugangs-URL: http://hdl.handle.net/10803/675764

Actividad de la proteina intrínsecamente desordenada p15(PAF) en el replisoma o cómo el desorden orquesta la replicación celular

Autoren: Barrera Vilarmau, Susana

Weitere Verfasser: University/Department: Universitat de Barcelona. Facultat de Química

Thesis Advisors: Crehuet, Ramon, Huarte Larrañaga, Fermín

Quelle: TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)

Schlagwörter: Dinàmica molecular, Dinámica molecular, Molecular dynamics, Proteïnes, Proteínas, Proteins, Fisiologia cel·lular, Fisiología celular, Cell physiology, Ciències Experimentals i Matemàtiques

Dateibeschreibung: application/pdf

Zugangs-URL: http://hdl.handle.net/10803/673908