Search Results - "[INFO:INFO_BI] Computer Science/Bioinformatics"

Problèmes de réarrangement avec marqueurs génomiques dupliqués

Authors: Thomas, Antoine

Subject Terms: [INFO:INFO_DS] Computer Science/Data Structures and Algorithms, [INFO:INFO_DS] Informatique/Algorithme et structure de données, [INFO:INFO_BI] Computer Science/Bioinformatics, [INFO:INFO_BI] Informatique/Bio-informatique, [SDV:BIBS] Life Sciences/Quantitative Methods, [SDV:BIBS] Sciences du Vivant/Bio-Informatique, Biologie Systémique, ́bioinformatique, génomique comparative, réarrangements, marqueurs dupliqués, genome halving, duplication en tandem, breakpoints, inversion, DCJ, échange de blocs

Availability: http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01067114
http://tel.archives-ouvertes.fr/docs/01/06/71/14/PDF/AntoineThomas_these.pdf

Reasoning on the response of logical signaling networks with answer set programming

Authors: Videla, Santiago

Subject Terms: [INFO:INFO_BI] Computer Science/Bioinformatics, [INFO:INFO_BI] Informatique/Bio-informatique, [SDV:BIBS] Life Sciences/Quantitative Methods, [SDV:BIBS] Sciences du Vivant/Bio-Informatique, Biologie Systémique, Systems biology, Logical signaling networks, Answer set programming

Availability: http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01070436
http://tel.archives-ouvertes.fr/docs/01/07/04/36/PDF/VIDELA_Santiago.pdf

Étude de l'anesthésie générale à l'échelle atomique par modélisation d'un homologue bactérien du récepteur nicotinique humain

Authors: Laurent, Benoist

Subject Terms: [SDV:BBM:BC] Life Sciences/Biochemistry, Molecular Biology/Biomolecules, [SDV:BBM:BC] Sciences du Vivant/Biochimie, Biologie Moléculaire/Biochimie, [STAT:AP] Statistics/Applications, [STAT:AP] Statistiques/Applications, [INFO:INFO_DC] Computer Science/Distributed, Parallel, and Cluster Computing, [INFO:INFO_DC] Informatique/Calcul parallèle, distribué et partagé, [INFO:INFO_BI] Computer Science/Bioinformatics, [INFO:INFO_BI] Informatique/Bio-informatique, [SDV:BIBS] Life Sciences/Quantitative Methods, [SDV:BIBS] Sciences du Vivant/Bio-Informatique, Biologie Systémique, [INFO:INFO_MO] Computer Science/Modeling and Simulation, [INFO:INFO_MO] Informatique/Modélisation et simulation, modélisation moléculaire, nicotinique, pLGIC, GLIC, Epock

Availability: http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01053431
http://tel.archives-ouvertes.fr/docs/01/05/34/31/PDF/thesis-optimized.pdf

Modélisation spatiale des effets de communauté

Authors: Batmanov, Kirill

Subject Terms: [INFO:INFO_BI] Computer Science/Bioinformatics, [INFO:INFO_BI] Informatique/Bio-informatique, [SDV:BIBS] Life Sciences/Quantitative Methods, [SDV:BIBS] Sciences du Vivant/Bio-Informatique, Biologie Systémique, développement biologique, modélisation numérique, régulation génique, effet de communauté

Availability: http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00977082
http://tel.archives-ouvertes.fr/docs/00/97/70/82/PDF/thesis.pdf

Design, optimization and control in systems and synthetic biology

Authors: Batt, Gregory

Subject Terms: [SDV:BIBS] Life Sciences/Quantitative Methods, [SDV:BIBS] Sciences du Vivant/Bio-Informatique, Biologie Systémique, [INFO:INFO_BI] Computer Science/Bioinformatics, [INFO:INFO_BI] Informatique/Bio-informatique, systems biology, computational biology

Availability: http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00958566
http://tel.archives-ouvertes.fr/docs/00/95/85/66/PDF/manuscript_hdr_batt.pdf

Efficient algorithms for de novo assembly of alternative splicing events from RNA-seq data

Authors: Tominaga Sacomoto, Gustavo Akio

Subject Terms: [SDV:BIBS] Life Sciences/Quantitative Methods, [SDV:BIBS] Sciences du Vivant/Bio-Informatique, Biologie Systémique, [INFO:INFO_BI] Computer Science/Bioinformatics, [INFO:INFO_BI] Informatique/Bio-informatique, Algorithm, Enumeration, Data structure, RNA-seq, Alternative splicing, De Bruijn graph, Bloom filter, NGS

Availability: http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01015506
http://tel.archives-ouvertes.fr/docs/01/01/55/06/PDF/TH2014_Tominaga-Sacomoto_Gustavo-Akio.pdf

Comparaison de novo de données de séquençage issues de très grands échantillons métagénomiques. Application sur le projet Tara Oceans

Authors: Maillet, Nicolas

Subject Terms: [INFO:INFO_BI] Computer Science/Bioinformatics, [INFO:INFO_BI] Informatique/Bio-informatique, [SDV:BIBS] Life Sciences/Quantitative Methods, [SDV:BIBS] Sciences du Vivant/Bio-Informatique, Biologie Systémique, Bioinformatique, Tara Oceans, Métagénomique comparative, Filtre de Bloom

Availability: http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00912531
http://tel.archives-ouvertes.fr/docs/00/93/56/83/PDF/Maillet_Nicolas.pdf

Contributions à l'étude de la dynamique des systèmes biologiques et aux systèmes de calcul en biologie synthétique

Authors: Amar, Patrick

Subject Terms: [INFO:INFO_BI] Computer Science/Bioinformatics, [INFO:INFO_BI] Informatique/Bio-informatique, [SDV:BIBS] Life Sciences/Quantitative Methods, [SDV:BIBS] Sciences du Vivant/Bio-Informatique, Biologie Systémique, biologie de synthese, biologie des systemes, modelisation, simulation stochastique

Availability: http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00929785
http://tel.archives-ouvertes.fr/docs/00/92/97/85/PDF/hdr.pdf

Exploiting parallel features of modern computer architectures in bioinformatics : applications to genetics, structure comparison and large graph analysis

Authors: Chapuis, Guillaume

Subject Terms: [INFO:INFO_BI] Computer Science/Bioinformatics, [INFO:INFO_BI] Informatique/Bio-informatique, [SDV:BIBS] Life Sciences/Quantitative Methods, [SDV:BIBS] Sciences du Vivant/Bio-Informatique, Biologie Systémique, Bioinformatics, High performance computing

Availability: http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01012222
http://tel.archives-ouvertes.fr/docs/01/01/22/22/PDF/Chapuis2013.pdf

Exploiter les capacités parallèles des architectures modernes en bioinformatique applications à la génétique, la comparaison de structures et l'analyse de larges graphes

Authors: Chapuis, Guillaume

Subject Terms: [INFO:INFO_BI] Computer Science/Bioinformatics, [INFO:INFO_BI] Informatique/Bio-informatique, [SDV:BIBS] Life Sciences/Quantitative Methods, [SDV:BIBS] Sciences du Vivant/Bio-Informatique, Biologie Systémique, [INFO:INFO_DC] Computer Science/Distributed, Parallel, and Cluster Computing, [INFO:INFO_DC] Informatique/Calcul parallèle, distribué et partagé, Calcul haute performance, bioinformatique, GPGPU

Availability: http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00912553
http://tel.archives-ouvertes.fr/docs/00/91/25/53/PDF/gchapuis-thesis.pdf

Vers une compréhension globale et systémique de la production des protéines chez les procaryotes

Authors: Leoncini, Emanuele

Subject Terms: [SDV:BIBS] Life Sciences/Quantitative Methods, [SDV:BIBS] Sciences du Vivant/Bio-Informatique, Biologie Systémique, [INFO:INFO_BI] Computer Science/Bioinformatics, [INFO:INFO_BI] Informatique/Bio-informatique, [MATH:MATH_PR] Mathematics/Probability, [MATH:MATH_PR] Mathématiques/Probabilités, biologie mathématique, expression stochastique des gènes, processus stochastiques, biologie des systèmes

Availability: http://pastel.archives-ouvertes.fr/pastel-00924232
http://pastel.archives-ouvertes.fr/docs/00/92/42/32/PDF/LEONCINI-These.pdf

Méthodes sémantiques pour la comparaison inter-espèces de voies métaboliques : application au métabolisme des lipides chez l'humain, la souris et la poule

Authors: Bettembourg, Charles

Subject Terms: [SDV:BIBS] Life Sciences/Quantitative Methods, [SDV:BIBS] Sciences du Vivant/Bio-Informatique, Biologie Systémique, [INFO:INFO_BI] Computer Science/Bioinformatics, [INFO:INFO_BI] Informatique/Bio-informatique, sémantique, ontologie, métabolisme, lipides

Availability: http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00926498
http://tel.archives-ouvertes.fr/docs/00/92/64/98/PDF/BettembourgThese.pdf
http://tel.archives-ouvertes.fr/docs/00/92/64/98/ANNEX/BettembourgDefense.pdf

Fouille de Sous-graphes Basée sur la Topologie et la Connaissance du Domaine: Application sur les Structures 3D de Protéines

Authors: Dhifli, Wajdi

Subject Terms: [INFO:INFO_LG] Computer Science/Machine Learning, [INFO:INFO_LG] Informatique/Apprentissage, [STAT:ML] Statistics/Machine Learning, [STAT:ML] Statistiques/Machine Learning, [INFO:INFO_BI] Computer Science/Bioinformatics, [INFO:INFO_BI] Informatique/Bio-informatique, [SDV:BIBS] Life Sciences/Quantitative Methods, [SDV:BIBS] Sciences du Vivant/Bio-Informatique, Biologie Systémique, Sélection de motifs, fouille de motifs, sous-graphe fréquent, sous-graphe représentant non-substitué, graphe représentant topologique, structure de protéine

Availability: http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00922209
http://tel.archives-ouvertes.fr/docs/00/92/22/09/PDF/Thesis_Manuscript_Wajdi_Dhifli_Topological_and_Domain_Knowledge-based_Subgraph_Mining.pdf

Algorithmes bio-informatiques pour l'analyse de données de séquençage à haut débit

Authors: Kopylova, Evguenia

Subject Terms: [INFO:INFO_BI] Computer Science/Bioinformatics, [INFO:INFO_BI] Informatique/Bio-informatique, [SDV:BIBS] Life Sciences/Quantitative Methods, [SDV:BIBS] Sciences du Vivant/Bio-Informatique, Biologie Systémique, [INFO:INFO_TT] Computer Science/Document and Text Processing, [INFO:INFO_TT] Informatique/Traitement du texte et du document, [INFO:INFO_DS] Computer Science/Data Structures and Algorithms, [INFO:INFO_DS] Informatique/Algorithme et structure de données, Metagenomique

Availability: http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00919185
http://tel.archives-ouvertes.fr/docs/00/96/36/96/PDF/these.pdf

Diversité et évolution des arbres de forêt tropicale humide : exemple d'Eperua falcata en Guyane française

Authors: Brousseau, Louise

Subject Terms: [SDE:BE] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, [SDE:BE] Sciences de l'environnement/Biodiversité et Ecologie, [SDV:BID:EVO] Life Sciences/Biodiversity/Populations and Evolution, [SDV:BID:EVO] Sciences du Vivant/Biodiversité/Evolution, [INFO:INFO_BI] Computer Science/Bioinformatics, [INFO:INFO_BI] Informatique/Bio-informatique, [SDV:BIBS] Life Sciences/Quantitative Methods, [SDV:BIBS] Sciences du Vivant/Bio-Informatique, Biologie Systémique, [SDV:GEN:GPO] Life Sciences/Genetics/Populations and Evolution, [SDV:GEN:GPO] Sciences du Vivant/Génétique/Génétique des populations, écologie, évolution, adaptation, génétique des populations, génétique quantitative, écophysiologie, génomique, bio-informatique

Availability: http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00967318
http://tel.archives-ouvertes.fr/docs/00/96/73/18/PDF/THESE_Louise_Brousseau.pdf
http://tel.archives-ouvertes.fr/docs/00/96/73/18/IMG/Eperua_falcata.JPG

Déterminants évolutionnistes de la socialité : le rôle de la formation de groupe

Authors: Garcia, Thomas

Subject Terms: [SDV:BID:EVO] Life Sciences/Biodiversity/Populations and Evolution, [SDV:BID:EVO] Sciences du Vivant/Biodiversité/Evolution, [SDV:BC:IC] Life Sciences/Cellular Biology/Cell Behavior, [SDV:BC:IC] Sciences du Vivant/Biologie cellulaire/Interactions cellulaires, [SDV:EE:IEO] Life Sciences/Ecology, environment/Symbiosis, [SDV:EE:IEO] Sciences du Vivant/Ecologie, Environnement/Interactions entre organismes, [INFO:INFO_BI] Computer Science/Bioinformatics, [INFO:INFO_BI] Informatique/Bio-informatique, [SDV:BIBS] Life Sciences/Quantitative Methods, [SDV:BIBS] Sciences du Vivant/Bio-Informatique, Biologie Systémique, [INFO:INFO_MO] Computer Science/Modeling and Simulation, [INFO:INFO_MO] Informatique/Modélisation et simulation, [INFO:INFO_MA] Computer Science/Multiagent Systems, [INFO:INFO_MA] Informatique/Système multi-agents, [PHYS:COND:CM_SCM] Physics/Condensed Matter/Soft Condensed Matter, [PHYS:COND:CM_SCM] Physique/Matière Condensée/Matière Molle, évolution de la socialité, évolution de la coopération, théorie des jeux évolutionniste, assortiment différentiel, modèles à particules auto-propulsées, formation de groupes, adhésion cellulaire, micro-organismes sociaux

Availability: http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01018209
http://tel.archives-ouvertes.fr/docs/01/01/82/09/PDF/thA_se.pdf

Modèles bio-informatiques pour les peptides non-ribosomiques et leurs synthétases

Authors: Pupin, Maude

Subject Terms: [INFO:INFO_BI] Computer Science/Bioinformatics, [INFO:INFO_BI] Informatique/Bio-informatique, [SDV:BIBS] Life Sciences/Quantitative Methods, [SDV:BIBS] Sciences du Vivant/Bio-Informatique, Biologie Systémique, [CHIM:CHEM] Chemical Sciences/Cheminformatics, [CHIM:CHEM] Chimie/Chemo-informatique, base de données biologiques, peptides non-ribosomiques, comparaison de graphes, prédiction d'activité

Availability: http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00918918
http://tel.archives-ouvertes.fr/docs/00/91/89/18/PDF/hdr_pupin.pdf

Application des méthodes à noyaux sur graphes pour la prédiction des propriétés des molécules.

Authors: Gaüzère, Benoit

Subject Terms: [CHIM:CHEM] Chemical Sciences/Cheminformatics, [CHIM:CHEM] Chimie/Chemo-informatique, [INFO:INFO_LG] Computer Science/Machine Learning, [INFO:INFO_LG] Informatique/Apprentissage, [INFO:INFO_BI] Computer Science/Bioinformatics, [INFO:INFO_BI] Informatique/Bio-informatique, [SDV:BIBS] Life Sciences/Quantitative Methods, [SDV:BIBS] Sciences du Vivant/Bio-Informatique, Biologie Systémique, Noyau (analyse fonctionnelle), Chimie-informatique, Reconnaissance des formes (informatique), Apprentissage automatique

Availability: http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00933187
http://tel.archives-ouvertes.fr/docs/00/93/31/87/PDF/these-v1.pdf

Exploration de la reconnaissance de la courbure membranaire par le motif ALPS

Authors: Vamparys, Lydie

Subject Terms: [INFO:INFO_MO] Computer Science/Modeling and Simulation, [INFO:INFO_MO] Informatique/Modélisation et simulation, [INFO:INFO_BI] Computer Science/Bioinformatics, [INFO:INFO_BI] Informatique/Bio-informatique, [SDV:BIBS] Life Sciences/Quantitative Methods, [SDV:BIBS] Sciences du Vivant/Bio-Informatique, Biologie Systémique, Modélisation moléculaire, Structure et dynamique des membranes, Simulations de dynamique moléculaire, Insertion et repliement de peptides, Interaction peptide-membrane, Lipides membranaires, Courbure membranaire, Transport vésiculaire

Availability: http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00934412
http://tel.archives-ouvertes.fr/docs/00/93/44/12/PDF/These_Lydie_Vamparys_version_finale.pdf

Une étude bioinformatique du dialogue métabolique entre un trypanosome non pathogène et son endosymbiote à des buts évolutifs et fonctionnels

Authors: Klein, Cecilia Coimbra

Subject Terms: [SDV:BIBS] Life Sciences/Quantitative Methods, [SDV:BIBS] Sciences du Vivant/Bio-Informatique, Biologie Systémique, [INFO:INFO_BI] Computer Science/Bioinformatics, [INFO:INFO_BI] Informatique/Bio-informatique, symbiose, acides aminés essentiels et vitamines, voies métaboliques, réseaux métaboliques, mutualisme, trypanosomatids

Availability: http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00923295
http://tel.archives-ouvertes.fr/docs/00/92/32/95/PDF/TheseCecilia.pdf